为确保2009年税收收入增长预期目标的实现，国家税务总局5月8日公布有关通知，提出加强税种征管、促进堵漏增收的若干意见，其中要求各地要加快推广个人所得税管理系统，进一步落实《国家税务总局关于进一步推进个人所得税全员全额扣缴申报管理工作的通知》（国税发[2007]97号），力争在2009年底前将所有扣缴单位纳入全员全额扣缴明细申报管理。

通知指出，凡是2008年度扣缴税款在10万元以上的扣缴单位，从2009年6月份开始必须实行全员全额扣缴明细申报。扣缴单位在办理扣缴申报时，必须按全员全额扣缴明细申报的要求报送《扣缴个人所得税报告表》；进行汇总申报的，税务机关不予受理。税务总局将在2009年第四季度组织全员全额扣缴明细申报执法检查，发现应实行未实行的，将通报批评。

国税总局还要求各地大力推进高校全员全额扣缴明细申报，加强高校教师除工资以外的其他收入和兼职、来访讲学人员的个人所得税征管。选择部分扣缴税款可能不实、人均纳税额较低的高校进行分析、评估和检查，发现应扣未扣税款行为，要依法处理。

对个人股权转让所得，国税总局要求各地税务部门主动加强与工商部门的协作，获取个人股权转让信息；进一步规范股权转让所得个人所得税征管流程，健全内部管理机制；对形式上采取平价、低价转让且没有正当理由的，可对其计税依据进行核定。

此外，国税总局还要求各地加强企业工资薪金支出总额和已代扣代缴个人所得税工资薪金所得总额的比对，以及加强对外籍个人的个人所得税管理。